1、旁路煙道內若不設旁路煙氣擋板門，在實際運行中必須將煙氣脫硫系統進口和出口側的煙氣壓力差調節為“零”，才能保證煙氣脫硫系統的全煙氣脫硫，而在煙氣脫硫系統運行中始終保持這種狀態而沒有偏差，控制上是有難度的，特別是煙氣工況發生波動(這是比較正常的現象)時控制更難實現。
2、煙氣脫硫系統若不設旁路煙道擋板，在實際運行中有可能使部分凈煙氣重新吸入煙氣脫硫系統系統或原煙氣直接排入煙囪。若煙氣脫硫系統對脫硫效率要求不是很高(如國內某些電站)可以不設旁路擋板，但對脫硫效率要求高的煙氣脫硫系統，則旁路擋板的設置就顯得十分重要的。
3、如果煙氣脫硫系統中不設置旁路擋板門，在選擇升壓風機容量時就要考慮一定的余量，則升壓風機的造價及運行成本會增加很多。
4、煙氣脫硫系統裝置啟停時，煙氣通過旁路，旁路擋板門按要求打開，煙氣脫硫系統進、出口擋板同時關閉，這種情況下，旁路擋板門可通過控制開度使其與煙氣脫硫系統進、出口擋板的啟閉協調進行，而不至于出現由于兩路煙道阻力不同對鍋爐爐膛負壓產生明顯影響，引起鍋爐主燃料跳閘的情況。
